L'FK Partizan, che cerca di partecipare alla seconda fase a gironi di UEFA Champions League consecutiva, se la vedrà con l'FK Skendija 79, al debutto europeo, come stabilito dal sorteggio per il primo e secondo turno preliminare che si è tenuto a Nyon.

Quattro squadre iniziano dal primo turno preliminare il 28/29 giugno e 5/6 luglio, con l'SP Tre Fiori che se la vedrà con il Valletta FC e l'FC Santa Coloma contro l'F91 Dudelange. Le vincitrici di queste sifde se la vedranno rispettivamente con FK Ekranas e NK Maribor - che nel 1999/2000 aveva partecipato alla fase a gironi - nel secondo turno preliminare il 12/13 e 19/20 luglio.

In questa fase il Partizan sfida lo Skendija, mentre il Malmö FF, finalista perdente nel 1979, se la vedrà con l'HB Tórshavn. Il Rosenborg BK, che ha partecipato alla fase a gironi undici volte ma mai dopo il 2007/08, sfida il Breidablik. Le vincitrici dei 17 incontri conosceranno già la loro sfidante successiva, dato che il sorteggio per il terzo turno preliminare si terrà il 15 luglio insieme a 13 squadre che entrano in questa fase.

Sorteggio primo turno preliminare (28/29 giugno e 5/6 luglio)

SP Tre Fiori (SMN) v Valletta FC (MLT)
FC Santa Coloma (AND) v F91 Dudelange (LUX)

Sorteggio secondo turno preliminare (12/13 e 19/20 luglio)
Maccabi Haifa FC (ISR) - FK Borac Banja Luka (BIH)
FK Mogren (MNE) - PFC Litex Lovech (BUL)
NK Maribor (SVN) - FC Santa Coloma (AND) o F91 Dudelange (LUX)
KS Skënderbeu (ALB) - APOEL FC (CYP)
ŠK Slovan Bratislava (SVK) - FC Tobol Kostanay (KAZ)
SK Sturm Graz (AUT) - Videoton FC (HUN)
FC Zestafoni (GEO) - FC Dacia Chisinau (MDA)
NK Dinamo Zagreb (CRO) - Neftçi PFK (AZE)

FC Pyunik (ARM) - FC Viktoria Plzeň (CZE)
FK Partizan (SRB) - FK Skendija 79 (MKD)
SP Tre Fiori (SMN) o Valletta FC (MLT) - FK Ekranas (LTU)
Malmö FF (SWE) - HB Tórshavn (FRO)
Shamrock Rovers FC (IRL) - FC Flora Tallinn (EST)
Rosenborg BK (NOR) - Breidablik (ISL)
HJK Helsinki (FIN) - Bangor City FC (WAL)
Skonto FC (LVA) - Wisła Kraków (POL)
Linfield FC (NIR) - FC BATE Borisov (BLR)