Non è mai entrato nelle grazie di Vincenzo Montella (80 minuti collezionati in 3 fugaci apparizioni), tanto che il Milan a gennaio si muoverà alla ricerca di un nuovo attaccante esterno che possa dare il cambio allo spagnolo Suso. Keisuke Honda non rinnoverà il suo contratto in scadenza a giugno 2017 e una cessione alla riapertura del mercato è probabile, in quanto permetterebbe al club rossonero di mettere a bilancio una minima plusvalenza, avendolo acquistato a parametro zero nell'inverno 2014.

Dal Giappone, Honda ha fatto un bilancio sulla esperienza al Milan e il punto sul proprio futuro: "Ci sono state delle motivazioni che non mi hanno permesso di giocare con continuità al Milan in questi due anni e mezzo e le accetto. Purtroppo, personalmente non sono riuscito ad ottenere risultati positivi. Ci sono stati anche altri giocatori importanti che non sono riusciti ad imporsi: penso a Torres, Kakà nella sua seconda esperienza, Balotelli ed El Shaarawy", ha dichiarato a Japan NT. 
Sull'imminente cambio di proprietà: "Posso capire che la società voglia cambiare, penso che sia la fine di un'era. Durante la mia carriera ho lavorato sodo e sono in grado di decidere per il mio futuro. C'è stata l'opportunità di lasciare il Milan, sfumata perché non è arrivata l'offerta adeguata. Non sto morendo dalla voglia di lasciare il club, quindi non c'è alcun equivoco".